为了对付这些水匪、湖匪，民国时期，各地军政当局都曾三令五申，饬派军警巡逻水面，保护商船。许多省还成立水警厅、水警队。例如，30年代，江苏、浙江两省水警成立过太湖联防处，相互配合，打击湖匪。这些措施，虽在一定程度上收到些效果，但终是防不胜防，甚至反过来加重了人民的灾难。如前所述，长江上游匪祸频仍，四川军阀杨森曾命令军队保护过往船只。
但船户们却指出，兵、匪之间早有联络，兵来匪去，兵去匪来，官兵非但不能护船，反要船户向官兵交纳保护费，给以烟酒招待，额外加重了船民的负担。闽江水匪之所以敢在水警驻处附近向船户派款，也是因水警与水匪素有勾结，故而熟视无睹，若非上司严令追剿，便总是含混敷衍，听任蔓延。
因此，许多地区的船户宁可向水匪交纳保护费（即买路钱），也不愿与官兵打交道。1923年四川合江至沪州一段江面，被一伙土匪控制。水匪在江面设卡，向过往盐船、货船收取保险费。匪首规定，收取保险费后的船只上，旅客行李、银钱绝对安全，决不允许匪徒再行掠掳。
20年代，淮河流域曾设置长淮水警厅，所属水警起初巡缉倒也十分认真。他们在水匪出没的地方泊有舢板、炮艇，平时起镇慑作用，夜间巡逻放哨，有事则追踪缉拿。然由于军阀混战，经费支绌，无人顾及水警处境。水警薪饷积欠达一年半之久；警服数年不予更换，竟致褴褛；枪械陈旧，不堪御敌。加之炮艇使用既久，无钱维修，因而破烂不堪，停泊一夜，舱中即渗水多多，需人工舀刮之后，方能出航。
这一切都极大地影响了水警们的生活和情绪，削弱了水警的缉匪能力。1923年下半年，新任长淮水警厅厅长走马上任后，见此状况，甚表忧虑。于是，他在蚌埠等地邀请各大商船主开会商议。厅长先将水警器械状况通报后，便说：“现在急需购置新式炮艇，以便巡查河道、保护航运，但这笔经费却无从筹措，尚请各位有以教我。”
说完，他笑嘻嘻地环视众人。
商船主们一则确实希望重振水警之威；缉匪护航，二则也知道厅长之意在于要大家出钱，遂表示愿意解囊集资。
厅长当下便将自己的打算摊到桌面，说：“随意摊派，未免不公。我意是按各位拥有的商船数，临时开征一项商船捐，一次征足，下不为例，各位意下如何？”
商船主们见厅长此议胃口平平，都很高兴，便按各家船数交纳捐税，当下便筹得数万元大洋。厅长笑嘻嘻地收好银票，对众人说：“我马上就去订货，相信不久就会有新炮艇巡逻了。”
然而，新炮艇却始终没有到货，船主们偶尔见到水警厅长，谁也不敢询问钱款的下落。厅长倒丝毫不觉尴尬，照样拱手作揖，笑嘻嘻的。这正是“厅长此日钱包满，长淮依旧盗匪多”。
更有甚者是缉匪水兵直接变化为水上土匪，打劫绑票，其危害自然更大。1927年7月间，在广东即发生一起这样的案子。江固号军舰是一艘载有60余名官兵的江防舰，主要在江门县至九江镇一段的西江江面上巡逻护航。6月底，舰长潘铎民去广州领饷未回，舰务由副舰长蒋维权负责。30日夜间，舰泊于江门县北街江面。该舰军士长郭灶、上士陈球等6人，早与九江镇附近著匪吴三镜暗中往还，图谋不轨。
是日夜间，郭灶有意将同伙安排与自己值班守夜，至7月1日凌晨1时许，以电筒明灭为号，接应匪徒上船。副舰长以下数十名官兵在酣睡中被捉，全部驱往尾舱关押。上士陈球本系舵兵，于是驾舰上驶至太平镇沙河湾停泊。当夜，众匪徒一边饮酒，一边策划天亮后如何行动。
第二天，匪徒将江固舰升火待发，伺机打劫过往客轮，直至午后方有一运货小轮经过，匪徒穷极无聊，遂上前拦截，但所获无多。直至夜间，广州开往广西梧州的民安号客轮才一头撞进网中。郭灶等发灯光信号令民安号停船，等待检查。匪徒们冒充官兵，登上客轮后，立即凶相毕露，搜掠旅客财物，达数万元之多，并掳架行囊充实的乘客20余人，返回江固舰。
7月3日一天，匪徒重演故伎，但均无太大斩获。由于担心被劫船只向当局报案，海军处会派舰前来缉拿，这天晚间，陈球将军舰开往江对岸，泊于高明县（今与鹤山县合并为高鹤县）三洲圩，弃舟登岸。临行前，由郭灶等指挥，匪徒将舰载排炮两门、机枪二挺、步枪10余支以及枪炮子弹若干箱，尽数拆卸、搬拿而去。被架人质也于黑夜中被驱赶着，踉跄随行。
江固舰被弃置江畔良久，至夜间10时左右，被关押的官兵发觉再无嘈杂之声，估计匪徒已去，遂试启舱门，竟豁然洞开，于是鱼贯而出。副舰长蒋维权检索失物后，深感部下联匪劫舰、抢掠商船、盗走武器，自己身为代理舰长，责任重大。
经过一番思索，他决定召开军官会议，商量如何善后。他回顾说，三年前（1924年），江防舰队周之帧部曾联匪抢劫，事后逃窜，被当局包围缴械。军事法庭追究部队长周之桢的责任，周逃往香港躲避。今日之事，仅少数军中败类所为，多数官兵既无罪恶，又无积蓄，逃往外地也无以为生。
“况且，此案发生已经3天，海军处定已知情，必派舰在各江出海口拦截。我们与其逃而被抓，不如主动开往省城投案自首。”
蒋副舰长说完，便征询众人意见。
军官们自然同意蒋的分析，遂分头布置维修机器、打扫舱房、清洗甲板，准备第二天一早开航。
颟顸的广东海军处实际是到了7月3日中午，才获知江固舰出事，当下调遣江大、龙骧、江靖、江汉、江澄、中山各舰，部分封锁各河道出海口，部分沿各主要航道上溯搜寻。4日清晨6点多钟，江澄号首先发现江固舰正沿江而下，便打旗语命令它投降。江固舰回答：服从命令。江澄舰遂在前行驶，至狮子洋面，迅即通知海面各舰，布阵包围。当天下午，江固舰在各舰押解下，开到广州，40余名官兵均被扣留，交军法处讯问。
30年代也发生过水警化为水匪的事件。1936年夏天，江苏吴县周庄乡农民夏歧江一家三口被湖匪所架，后交出数千元才得以赎出。江浙水警太湖联防处经过侦查，获知匪首竟是现任江苏水警第二区侦缉队的两名探员包正权、吴嘉志。待到水警前去捉拿时，仅擒获5名匪徒。两名匪首则早已闻风逃逸，是否在水警中有人暗中报信，也未可知。