国民党统治时期，水匪的猖獗较之北洋军阀统治时期，可以说是犹有过之。先说一个1927年10月发生在苏北大运河上的匪案。这时，南京的国民政府已经成立半年多，南京和武汉已经合流，刚刚在龙潭战役打败偷渡长江的军阀孙传芳的部队。为防止北军再度南下，同时为西征唐生智，江苏各地调兵遣将十分频繁，苏北内河航运的小汽轮都被征去运兵。
往来旅客只得乘坐船民撑行的航船，装载人货既少，速度又慢。24日，冯玉祥的西北国民革命军独立第一混成旅的军医处顾处长带着4名随从，均着便衣，乘船从高邮县到清江县出差。航船沿大运河缓缓北上，行至高宝湖、白马湖衔接处的刘堡时，被几名持枪土匪劫持。匪徒挨个搜掠，同时询问各人身份。顾处长因担心土匪为孙传芳部下溃兵，故佯称为苏北宝应县人，在上海读书。
不料匪徒闻言大喜，下船时即将顾架掳而去。后据熟悉土匪习性的人介绍，匪徒一则因当地人便于联系、说票，二则当地人而能在上海读书，必为有钱人家，可勒索巨款。设若顾处长声称家乡遥远，不易带信，则土匪可能弃之不顾；又设若顾处长明言自己的身份，则土匪可能虑及其军官地位而不敢绑架。
上述这种说法虽有一定道理，但分析起来，却也未必。临城劫车案所架肉票，外国人姑且不论，便是中国人也多非山东居民，土匪不是照绑无误？至于顾虑官员身份，更是站不住脚的，远的不说，就在顾处长被架的同时，土匪还架走了一名高邮县政府的财政科长，却丝毫不见有犹疑神情。因此，以常人的心态去揣测土匪，往往是很难得准确的。
下面再看一个比军医处处长大得多的国民党将领遭遇水匪的案子。福建闽江两岸素多水匪，民国以来，历届地方政府都在此设立水警，用以镇慑、搜捕、打击水匪，然而匪患始终未弭。1941年春，日军占领福州后，闽江水匪乘兵荒马乱之际纷起，大小达10余股之多。
洪山桥附近匪首陈保国率匪众公然夺取了两个分队水警的枪支（每分队30人）。股匪在闽江沿岸拦劫装载难民北逃的船只。因逃难者大都携带家中最值钱的物件，所以匪徒掳获极丰。又因沿江匪股众多，逃难船只鲜有漏网，甚或有连续被劫数次的。战局稍趋平定后，土匪并无收敛。
在大箬、小箬等水警驻防处，他们公然出没，不知畏惧，且向过往民船勒索过路费，每船以大小，三五元不等。秋天，日军退出福州，国民党军政当局仍无暇顾及剿匪事宜，听之任之。
这年年底，国民党军队第二十五集团军司令李觉从福州到南平视察军务。一行人租乘闽江轮船公司的一艘汽船，溯闽江而上。冬季水浅，船速较慢，行至水口上游三都口附近时，已用去两小时。船中人都坐在客厅内，凭窗眺望两岸的景色。远山连绵起伏，犹如黛色城垣凌空而起；近山红枫绿樟，宛然彩笔渲染交相映衬。一名北方籍军官止不住赞了一声：“好地方……”
一语未毕，岸边响起一声清脆的枪声。
“怎么回事？”李觉从沙发上站起，准备走到窗前探视。陡然间，两岸传来密集的枪声，子弹“嗖嗖”地飞向汽船，有的击碎了玻璃，有的打在钢板上……“司令！”
一名卫士猛地把李觉推开，把他护送到子弹打不到的死角。
李觉看见那卫士的肩头鲜血正在流淌，他还听见外面枪声中夹杂着的粗野的呼喊：“把船靠过来……”
这时，其他军官和卫士们一边用手枪、冲锋枪还击，一边架起机枪向两岸猛扫。渐渐地，两岸枪声稀疏下去，终于停止。土匪见难以得逞，只得撤退。
消息传回福州，省政府大为震惊。省主席陈仪恼怒地说：“匪患严重竟至此地步，几乎杀我国军将领，简直成了日本人的帮凶，非痛剿不可！”
他下令，三个月必须彻底解决闽江沿岸的土匪。水警总队队长余钟民这才紧张起来。他亲自调查情况，布置任务，指挥行动，对10余股土匪收编了一部分，消灭了一部分。唯有袭击汽船的一股土匪后来得知闯了大祸，远远地窜入戴云山中，躲避风头。水警第一大队派人打入该股匪众之中。后水警分三路包围，将这股匪徒全歼。
在四川的一些内河水面上，土匪劫船称“打歪（wái）子”，往往事先与船主暗中联系，摸清有何客商，雇船托运何宗货物，到何处去。待船行至某地，盗匪突出劫货，船主假意反抗，客商则蒙在鼓里，只得自认晦气。又有“掉鞭子”或称“宰根子”的，是土匪假扮官军或民团，借检查违禁商品为名，抢劫商船。不少客商为安全起见，在码头上央人与土匪说包袱。土匪即派人随船护送，遇有他股土匪来劫，护送者即取出本股匪首名片或帮会的标记，便可通过。
浙东地区山明水秀，景色妩媚。四明山、天台山、会稽山重峦叠翠，群山间流出无数湍急清彻的溪流，汇合成甬江、曹娥江、浦阳江等许多可供航行的河流。沿江两岸，自古以来就流传着孝女曹娥、西施浣纱等无数与河流有关的故事。就在这绿水青山之间，仍时有匪徒出没，为非作歹。他们手持刀枪，横行江上，过往船户闻风丧胆。1933年10月下旬，从慈溪驶往宁波的两艘航船，同时遭到匪劫。
前船空载船轻，见一小船载数名持刀匪徒驶来，急撑欲逃。不料匪船小巧、快捷，迅速追及。船老大和伙计企图以竹篙撑开匪船。不想三名匪徒早已跳帮而过，举刀就砍。两名船民均受伤，不敢再动，货款200余元大洋，悉为土匪劫去。后面航船的船工先经数名匪徒喝令停驶，后见前船船民受伤流血，早软了手脚，动弹不得。水匪遂不费吹灰之力，将满船绸缎布匹，搬载而去。
水匪劫船还曾导致帝国主义者公开蔑视中国主权、干涉中国内政、欺侮中国人民的事件。1927年9月1日，悬挂英国国旗的华商客轮开州号在广东西江羚羊峡，被一批乔装乘客的匪徒劫持。匪徒们打死轮机长、英国人白拉克，掠夺了船上和旅客一切值钱的东西，抢去船员备用的武器弹药，肆意破坏船上的设备和物品，最后还掳走了帐房先生和100多名旅客。
开州号不仅自船长以下的所有船员均为洋人，便是防卫队员也是从英属印度招募来的。港英当局觉得大失颜面，恼羞成怒，竟派英国军舰溯西江而上。行至土匪下船的太平湖后，英国水兵下船将该地村民悉数驱逐出村，纵火焚毁村庄，并开炮10余响，以示报复。
即给土匪一些金钱。