秀清权威日盛，国中惟知东王，不知有天王也。百官皆趋秀清府，天王深居，以时朝而已。章奏必先达秀清乃上，军政概不以闻。秀清教令，称金谕，每谕至，大吏、将帅于十里外列案跪迎，焚香诵，否则干重谴，阃外皆置监。喜石达开而恶韦昌辉，昌辉曲事之。秀清益骄。昌辉导以宫室声伎之奉，穷极奢丽，妃妾数百，昼夜淫佚，执役皆好女。造龙车置楼上，使侍妾裸曳之。久乃不能入，昌辉榜四方，为求医，能愈者爵高官。秀清向昌辉道所苦，昌辉则泣下，秀清益德之。出入仪卫拟于乘舆。舆置一榻，四宝座，二竖入侍，舆夫三十二，皆衣绣极丽，青白二龙前驱，称九千岁，日夜必演剧为娱。咸丰五年乙卯，官文、胡林翼之军围鄂急，秀清命胡以光将兵五万赴援，未至而武昌陷，秀清罪以光，削其王号。秦日昌封燕王，秀清摘其短，亦削其爵。以光愤郁病发，与林翼战于江夏，林翼败，以光卒于军。韦国宗代将，复与林翼战，败之，复据武昌。军中有韦国宗三打湖北之称，以功加右军主将。
咸丰六年丙辰，向荣、张国梁破句容，遂围金陵，压朝阳门六十余垒。秀清征沛王罗大纲，将四丞相李秀成、陈玉成、陈仕章、涂镇兴拒战，败之。大纲搏向荣垒，飞弹伤足，养疾金陵城中。秀成等屡战，互有胜败。向军既久困金陵，秀清急欲行篡，忌大纲，乃使医置毒杀之。大纲多谋善战，识大体，与秀成为刎颈交，自金田起兵至金陵，屡克大郡，不屠城，不杀降，爱士卒如子弟，用其谋无不中，功最高，为秀清害，人争惜之。京口守将吴海孝、李世贤，为张国梁、和春所迫，秀清命李秀成等四丞相援之。秀成欲令一人由江而潜入京口，出兵夹击，诸将无敢应者。陈玉成曰：“事急矣，吾当自行，公任其外，吾任其内。”
乃夜乘小舟，潜越敌水寨，无觉者。既入，纵兵击国梁军，秀成凭高见城中兵出，遣镇兴、仕章当敌，而自率奇兵绕国梁军后，痛击之。国梁大败走。京口围解。和春军丹徒，秀成合京口兵击之，和春败走。乘胜渡瓜洲，攻扬州之扑树湾，一战而扬州陷。秀成令汝孝将扬州军实置京口。
周胜坤守汤头旧营，为清军吉某所破。后路既阻，乃欲由六合通江浦、浦口以还金陵，国梁军阻之。秀成回师疾渡南徐，猝击汤头，破之，吉某自杀，连破十余营。国梁回救，已无及矣。
秀成以扬州孤悬江北，留镇不便，遂弃去。秋八月抵金陵，秀清檄击向荣军，秀成与玉成入谒，言向军久屯垒坚，不易猝拔，不如奇兵出溧水至句容，断其粮道，不击自溃，秀清不许。秀成出，乃激励将士，进兵击丹徒，张国梁以兵三万驰救，秀成大破之。翌日，攻向荣军后路，而达开之兵适至，夹攻之，肉薄搏垒，向军大溃，退屯丹阳，尽夺向垒。论功加秀成合天侯，玉成成天侯，其余封赏有差。达开加大将军，仍率兵入闽，为宜清援。秀清忌达开，不欲逼已也。秀成、玉成追击向荣、张国梁，乘胜夺苏州。
秀清屡图篡，欲迫秀全禅位，秀全微闻之。秀清伪疾亟，讽天王临视，盛陈兵卫，秀全至临卧内，秀清仰卧，旁侍四女子，设小榻一以待天王。秀全言东王病苦可念，秀清作呓语曰：“人言天无二日，秦时二日相斗，何也？”
秀全即敕从官九叩首，三呼东王万岁，秀清愕然。初，秀清欲诱秀全正二日之误，即迫其逊位，不则弑之。秀全猝令从官呼万岁，秀清反不能复言，暝而息。秀全称更衣，乘间逸去。秀清张目曰：“天王何在？”
左右以告，秀清太息而止。秀全深自危，啮血书诏，召北王韦昌辉入卫。昌辉与秦日昌领精卒五日驰至，夜深扣水西门，卫士不纳，曰：“无东王令箭，城不得启。”
昌辉怒曰：“吾奉东王密书，星驰来，汝辈敢阻，吾宁不能杀汝耶？”
卫士惧，乃纳之。至秀清府，守者拒焉。昌辉夺门，卫士殊死战，昌辉大呼奉诏讨贼，顺者释勿罪，渐散去。昌辉迫秀清卧内，秀清兽伏水阁下，系之以献，族其家。秀全闻变闭宫，昌辉扣宫门，称获贼，取中旨。秀全以昌辉族秀清家，虑专横难制，欲赦秀清。昌辉怒，命左右杀秀清。诏勿多杀，亦不褒昌辉功。昌辉益怒，虑秀清官属为己患，矫诏秀清党自投者皆宥之，否则杀无赦。至者三千余人，昌辉勒兵尽诛之，闭城大索，旬日未止。达开在鄂，闻变驰入，谏昌辉曰：“秀清为逆，诛之足矣，余党治过严，人人自危，乱将未已，徒快敌意。”
昌辉以达开厚秀清，且负人望，复谋杀达开。机泄，达开脱走，缒城遁。昌辉以兵入达开家，老幼悉戮之。达开走安庆，召兵靖难，大军抵宁国。宁国方被困，乃先解宁国围。昌辉闻达开将至，更日恣戮，秀全侍卫，日戮数人。皆哀诉昌辉之暴，谓臣等身不自保，岂复能翼陛下。秀全曰：“俟机至，恣尔等之便。”
侍卫数十，约五鼓持械，会昌辉宿东朝房，卫卒皆倦，侍卫蜂拥入，昌辉拉杀之。秀全命传首宁国，止靖难兵。达开留军宁国。从百人入见。或奏达开兵众功多，欲难餍，请留之京师，解其兵柄，否则又一杨秀清也。秀全为之动，乃诏达开劳苦功高，宜留辅弼，兵柄以付李秀成。政事一倚仁达、仁发，秀全之兄也。达开既闲居金陵，志不得申，其党张遂谋讽之曰：“王得军心，何郁郁受人制？中原不易图，曷入川作刘玄德成鼎足之业？”
达开从之，疏求去，又榜城市，告众行，以煽众心，从之者十万余人。至安庆，约陈玉成、李秀成以所部偕行。玉成军已发，往告秀成，秀成曰：“吾侪弃乡井，捐生命，以图功业，中道易心，后世其谓我何？吾决不行，君自裁之可也。”
玉成曰：“非君言，吾几为所误。”
兵止不行。
达开初谓二人必乐从，及皆谢绝，益失意，不能复还金陵，乃去皖，随行兵数十万。秀全闻而悔之。初，向荣既败于丹阳，江南大营尽没，乃吞金死。国梁愤败，力与秀成战，秀成败，引去，攻金坛未下，而金陵杨韦之难作，秀成退句容。七年春，桐城为秦定三围急乞救，秀成奉命，将李昭寿援桐城，而陈玉成奉命援宁国，皆不利。昌辉方欲诛达开，檄诸将缚以献，秀成不奉命，昌辉将籍秀成家，陈仕章谏曰：“秀成能军，又新招张乐行，兵号五十万，实三十万，若籍其家，秀成必反，何可当也？不如厚遇之。”
乃免。秀成在军，传言父母已为昌辉杀，悲伤不已。昭寿曰：“大丈夫不为父母雪仇，作儿女子态何益也？今宜率张乐行之众，鼓行而西，席卷咸阳，南据巴蜀，西定秦陇，东拒潼川，则霸业可成，何为俯首受人宰割耶？”
秀成曰：“吾徐议之。”
数日，得家报，父母无恙，乃止。昭寿，河南固始人。咸丰初，霍邱之洪家集，有大盗陈玉聚众数万人。清军攻玉甚急，昭寿有众百余来附玉，玉征昭寿兵，限辰至，过午提首来见，昭寿怒，毁陈字旗，自称寿王。数日得众万余。清军击败陈玉，移师攻昭寿，为所败，主将阵亡，遂围商邑，为团练所败。以余众降清军于英山，使当前敌。又败遁归里，聚众数千，复围商邑，再败，复投清军。主将致书淮帅袁甲三，谕昭寿罪，为昭寿所得，昭寿遂杀驿夫，降于九江将检点林启容。启容要以杀清主将为信，乃去降于黄梅将黄某。
黄某以兵千余应之，使诈杀清主将，诸团练截击之，昭寿败走，六年以所部归李秀成。秀成特优礼之，论中原豪杰，昭寿言有张乐行者，今屯三河，马步兵数十万；亳州有孙奎星，亦有众数十万。秀成喜，令昭寿持节招乐行。秀成屯桐城，闻乐行将至，自率众迎之，取霍邱六安，为乐行置家属。秀成得乐行兵，势益盛。
桐城为清将秦定三围急，而无为、巢县、庐江亦为多隆阿、都兴阿所破。秀成以桐城失，安庆不保，檄陈玉成解宁国之围以救桐城。玉成将万人赴援，秀成绘进兵图式授玉成，指陈方略，先攻无为，抄巢县以兜击庐江。玉成昼夜驰二百余里，兵突至，多隆阿猝不及备，败走。玉成趋运漕，连破二十营，趋昭关，会迓天侯陈仕章，令屯巢县，以障和含两浦，仕章分兵千余，随玉成夹击东关敌营，破十余垒，进军巢县，又破都兴阿营二十余垒，收巢县、庐江，疾趋桐城。秀成知援至，出兵夹击定三，遂大破之，死伤数千，定三仅以身免。
玉成还攻宁国，未入境，清将弃城走。论功加玉成成天豫，秀成合天燕，时咸丰八年戊午二月也。清帅胡林翼、曾国藩围九江年余，屡告急，陈玉成赴援未至，而九江陷，林启容死焉。启容善抚士卒，城破日，无一降者，国藩深佩焉。玉成救九江不及，屯黄梅。时南徐为和春、张国梁久困粮绝，秀全命长兄仁发将御林军万余人援之，败绩。更命秀成将兵二万赴援，秀成命李世贤为前部，李昭寿副之，戒世贤等勿轻战，以俟大军。仁发促之战，大败，十营溃其九，城中绝食已三日矣。
秀成至，乃令守将吴汝孝退出城，秀成自为殿，全师而退，南徐永为清有，清将冯子材守焉。仁发谮秀成，专擅失地，阴请加世贤主将，与秀成并，以分其势。南徐失后，敌军愈盛。句容为张国梁攻陷，人心动摇，秀全命秀成掌朝政，人心始定。自杨韦难作，达开远徙，秀全日益削弱，赖秀成支拄。秀成得张乐行一军以障江北。南陵、铜陵并陷，秀成命李世贤进屯湾池，以政事付蒙得恩、林绍璋、李春发，自督师收二陵，命杨辅清守之。镇江、句容既失，张国梁、和春乘胜破溧水，再逼金陵，秀全迭诏勤王。
时清军相拒四方，不暇相救。陈玉成堵黄梅、黄州，与胡林翼、曾国藩日有战事；黄文金守祁门，与鲍超相持；韦志俊堵池州，与杨载福、彭玉麟迭战，含山、合州为胜保所破，皆无暇援金陵。秀成以金陵粮富不足忧，乃亲将谭绍光、陆顺德、吴定彩、陈坤书兵三万人，渡江北复合和，次大柳村，为胜保伏军所败。退屯全椒，整兵援浦口、江浦。张国梁合围急，仅浦口得通，秀成自当之，能守不能战。金陵困年余，粮将尽，城中汹惧。自杨韦之难后，秀全以王位逼己，靳不以封，虽秀成、玉成百战功高，不得王。至是金陵困急，勤王兵皆不至。
秀成以玉成兵最强，乃请加玉成王号，寄阃外，乃封玉成英王，赐八方黄金印，便宜行事。玉成虽专阃寄，而威信远不如秀成，无遵调者。时李昭寿已降胜保，领兵在滁州，致书秀成曰：“君何事不如陈玉成？智谋勇功，何者弗及？今玉成为王，君尚为主将，天王之暗可知矣。吾始投大清，优礼有加，以君雄才，何为郁郁居人下？盍从我游乎？”
兵部尚书莫仕葵，以察军在秀成营，书至，仕葵启阅之，以示秀成，秀成大惊。仕葵曰：“公意如何？”
秀成曰：“臣不事二主，犹女不更二夫，昭寿自为不义，乃欲陷人乎？”
仕葵曰：“吾知公忠义，当代奏天王。”
乃持书去。戒秀成曰：“傥有敌将书，宜原封上进，以弭谗谤。”
流言达于秀全，秀全命封江阻秀成兵，并系其父母。
仕葵闻诏曰：“若此则大事去矣。”
乃偕蒙得恩、林绍璋、李春发，入宫切谏曰：“秀成前待昭寿有恩，今闻玉成封王，故为敌行间，陛下奈何中其奸，自坏长城？京师一线之路，赖秀成障之，舍秀成无足当者。玉成总军数月，不能调一军，其效可睹矣。今宜优诏褒勉，以安秀成之心。臣等愿以百口保秀成之忠义也。”
秀全悟，撤封江之诏，召秀成入，慰之曰：“朕故知卿忠义，偶信谣传，朕之过也。卿宜释怀，戮力王室。”
秀成顿首谢曰：“臣才庸力薄，不能早靖大难，以纾圣怀，臣罪大矣。以外无专阃，遂荐玉成总师干，期早释围以安宗社。不意寻数月，勤王兵无应者，固玉成失人之故，微臣实尸其罪。圣明不责，反加温慰，碎身不足以酬。”
秀全即进封秀成忠王，都督中外诸军，录尚书事，赐上方剑，八方金印，便宜行事。自主将以下，先斩后奏，撤玉成金印。秀成还浦口，连日赉赐稠叠。时冬十二月，秀成羽檄诸镇，期明春大会于安徽之枞阳。第一镇，左军主将李世贤；第二镇，前军主将陈玉成；第三镇，中军大佐将黄文金；第四镇，王宗，提督军务杨辅清；第五镇，右军主将刘官芳，暨隆天福赖文鸿，受天福古隆贤，天福李远继，敬天福胡鼎文，谢天福张朝爵，奉天福黄呈忠，顾天福吴汝孝等。上将百余，以九年二月，皆集枞阳。秀成驰至，告众曰：“秀成荷圣恩，专军政，实赖群公戮力以匡王室。吾侪弃丘垅，冒锋镝，无非欲成大业，共安乐耳。今京师累卵，不保旦夕。诸公皆绾兵符，不并力释围，以固根本，将坐待为虏乎？”
皆哄应曰：“愿听驱策。”
秀成曰：“吾欲先取杭州，以断张国梁粮道，使其分兵来救，我则返旆出不意击之，蔑不胜矣，诸君整军候调可也。”
陈玉成为多隆阿、鲍超败于德安，闻枞阳之会，驰至，并缴八方金印。浦口代任军务陈坤书，叠报国梁攻陷三营，告急。乃与玉成驰解浦口围，夹击国梁，大败之，国梁退屯江浦，秀成、玉成乘胜取六合、扬州。玉成攻六合久不下。秀成既破扬州，以粮实库藏送金陵，回军攻六合，下之。玉成军拒昭寿，秀成军拒国梁。玉成攻滁州，月余未下，而黄梅、宿松、太湖先后为多、鲍二军所破，合肥、庐州为李续宾所陷。玉成舍滁州，与秀成合师，与李续宾大战于三河，大败之，续宾自杀，复合肥、庐州。乘胜击多、鲍，又胜之，复黄梅、宿松、太湖，追至二郎河。玉成前驱，为鲍超伏军所败。秀成被困，达晚突出，不折一兵。玉成回黄梅，而秀成回巢县。甫至，闻江浦薛元芝降于清军，追之不及，秀成仍堵浦口，十月，六合为胜保所围，仍逼浦口，与国梁合，秀成腹背受敌，兵单不任战，飞檄玉成来援。玉成先援六合，一战即扬言去取邗江，朱某分兵守邗江，玉成遽返戈击六合，国梁以兵二万渡江来援，背水而阵。玉成曰：“见国梁藐我甚矣，誓擒之。”
分兵缀朱军，自以精锐突出国梁，国梁大败走，六合围不战而解。乘胜逼浦口，秀成出兵夹击，胜保几为虏。黄、宿、太湖，又为多、鲍攻急，玉成驰救，而秀成欲亲攻杭州。秀全以秀成去无人拒国梁，止之，秀成入陈曰：“臣前与诸镇约，攻浙江，断国梁粮道，俟其往救反旆击之，此奇策也，否则徒自困。”
诸臣交赞，乃许之。秀成以军务付陈赞朋、黄子隆，自率精兵三千行。去三日而浦口陷，秀成由鸠江越清弋江，出宁国之后。宁国方被围，秀成驰至解之，疾趋广德，一鼓下之。