中法缔和，时公已补粤督，乃建广、潮、钦、廉、琼州等处沿海炮台，又遣将平琼州黎乱，议开辟尼母山十字大路，惜功未成而罢。复于其间，建银圆局、铸钱局，中国之有银圆者，自公启之。又于广州设广雅书院，延朱御史一新主讲。而复增广粤中海军，以此入不敷出，不获已乃收赌税，于是赌之害粤，遂贻留以到今矣。或者为澳门以收赌税，市面日形发达，自广州开赌禁，而澳门遂衰落，公之主张赌税，即以暗制澳门之故，兹姑存其说，然究未可以为公宽责备也。戊子移督湖广，睹内政之荒废，乃悟李文忠所为之不谬，遂复与李交好。
由是以讫戊戌，天下咸以公为言新之魁杰。方公抵湖广也，首创芦汉铁路之议，其时醇贤亲王，与公往复电商十余次，虑黄河中梗为难，公议建铁桥以济。又请开晋矿，醇王伟公任事迈往，其复电有云：“纵使志大功迂，成功与否难预必，然存此精卫远大之志，足以痛洗畏葸不任事者之肺肠”云云。会是时有诏以铁路事下廷臣议，旋由王大臣复奏请缓办芦汉，先开奉吉，盖彼时笃旧之习尚胜故也。
及甲午战役，朝野始悔不早用公言，乃计日程功，以修芦汉，迟之又久而后成焉。公睹外患日急，物质文明缺乏，不足以济巨变，乃奏开大冶铁矿，设汉阳铁政局、枪炮局、织布局，其余织麻、银圆各局，咸由官设立，以图自强计，官款不足则借外债以济之。又于其间修荆州大堤，复汉魏之障，民田永赖者数百万顷。更建两湖书院，以兴国学建自强书院，以开新学。甲午东祸作，方萌蘖时，公即密陈海防策，且主率师船，疾捣日本三岛。主者复不能用，公乃日孜孜督造枪炮，不足，则借款外购。其后各路防军，多于公取济。
是岁十月，刘忠诚督师出关，廷命公署南洋大臣，公闻命即行，于十六日莅任，越日即周巡江阴、狼山、吴淞、崇滧、川沙、大台、海防，复力筹济北军。时公府物力不给，乃奏加盐引、米厘以济急。又请以冯子才帮办南洋防务，以彭楚汉署长江水师提督，冯、彭皆宿将之投闲者，然威望素重，至是为公民，民心以固，沿江会匪不敢动。马关议和割畀舍那，畀敌，其民不服，起戴巡抚唐景崧，图自立。公急赞助之，密输饷银数十万，并潜输军火相助。唐景崧者，固公弟子，公欲唐能保台，抒海内忠义之气，则飞电以规之曰：“君为国尽忠，吾可为君尽孝，勿以老母为念。”
盖当台民发难，公即密迎唐母至江宁，赡养备至，欲以纾其内顾忧也。及唐不能保台，舍军而逃，并干没军饷数百万，公由此薄其为人，终身不与通焉。是时旧军挠败，国内空虚，公乃募德将来春石泰练自强军，改良军制，以钱德培、沈敦和等绾其事，由是中国始有新军。复于其间辟江宁城内马路，排百难而为之，群力阻公，公皆径行不顾。又议修复金山文淙阁，招四方名贤为强学会，以去任中止。
丙申正月，公复回湖广任，旋奉诏与北洋大臣规画芦汉铁路。盖中国兴事赴公之顷，往往败于浮议，及事机已失，众心始觉，观此重可概也。公既返湖广，知人心僿陋，无以应世变，乃遣才俊赴日本留学。日本之有留学生，亦自公发之。当时国势至岌，外则有瓜分之议，内则群不逞之徒觊觎窃发。海内维新之士，知旧习之不适，始出而竞言变法。南海康氏出，立“强学会”，逞言词、鼓动机以求维新，复有《时务报》出现，为开新之祖，公实力助其成。当此之时，海内人士，殆皆以公为托命之原，而公亦广厦宏开，延揽多士，以缔造新国自许，日夕谋兴革矣。